Доктор Хамер утверждает, что болезни не являются бессмысленными, а имеют глубокий биологический смысл. Он объясняет, что официальная медицина не распознает двухфазный паттерн протекания любого заболевания, что приводит к ошибочному диагнозу и лечению. Симптомы, характерные для протекания одной из двух фаз, принимаются за отдельную самостоятельную болезнь. Доктор Хамер также утверждает, что микробы не являются причиной инфекционных заболеваний, а играют благоприятную роль в ходе фазы исцеления. Понимание этого меняет представление об иммунной системе как защитной против патогенных микробов.